第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。。1974年，新建的兰湾海港工地上，指挥长凌勇为响应周总理提出的"三年改变港口面貌"的号召，正和工人们一起用沉井方法兴建两个万吨级码头。。