在孤儿院长大的男高中生志愿是京都大学的医学院，有一天他被通知到了需要离开孤儿院去别家借住的年纪，本来希望有一个可以读书的环境，但生存的条件却是“以女婿的身份接任神社”？不相信神一心学医的他和神社家三位性格各异的巫女小姐姐同住一个屋檐下，等待他们的是新的化学反应还是神明的奇迹？。